שטח העגינה המוגן השתרע על פני כ-200 דונם. הוא היה מורכב משלוש בריכות משנה, שהפנימית מהן התבססה על בריכה חפורה, הנמצאת היום כמעט כולה ביבשה. מבריכה זו נותר במים מגדל עגול, כנראה על בסיס ביצור קדום יותר, של מגדל סטרטון, הישוב ההלניסטי שקדם לקיסריה. המגדל נמצא בצידו הצפוני של פתח הכניסה למעגן הפנימי. קוטרו 13 מ', והוא בנוי אבני גזית (מסותתות) ערוכות במעגל חיצוני. חלקן הצר פונה כלפי חוץ ("בנית ראשים"). בצידו המזרחי של המגדל בולט קצהו של צינור עופרת מתוך מגרעת בין אבני הגזית. מהצינור נובעים מים מתוקים – עדות למפלס הגבוה של מי התהום באזור, או לקשר לאמת המים (אקואדוקט) (1). כיום קבור המעגן הפנימי ברובו מתחת למבנים שעל שפת הים ומתחת לדשא. בצידו המזרחי (היבשתי), למרגלות במת המקדש, אפשר לראות רציף עגינה עם אבן קשירה, ומתחתיה צניר המסה (שקע אופקי קעור), המעיד על מים עומדים במפלס זה. שינויים מחזוריים במפלס הים גרמו בעיות שהבונים נאלצו להתמודד אתן: הנמל הפנימי החל להיסתם מיד עם הקמתו, ונעשו נסיונות נרחבים לשמר אותו כנמל. מצד שני סיכנו הצפות חוזרות ונשנות את הבניה היבשתית שנעשתה בו. בתקופה המוסלמית הקדומה נבנה באזור זה לראשונה רובע מגורים מסודר ומשוכלל. רובע זה מכוסה כיום ברובו במשטח הדשא.
הבריכה התיכונה התבססה על מפרץ טבעי, והיא מקבילה למעגן הנוכחי. מתחת לרציף הבטון המודרני אפשר לראות את הריצוף ההרודיאני המקורי של שובר הגלים הגדול. מזחים נוספים בלטו לתוך בריכות הנמל והגדילו את שטחי העגינה. הבריכה החיצונית, הגדולה מכולן, נוצרה באופן מלאכותי על ידי שני שוברי גלים ענקיים, שהקמתם מהווה מבצע הנדסי אדיר, ראשון מסוגו בהסטוריה. בסיסו של שובר הגלים הראשי נמצא בדרום מזרח, והוא פונה בקשת רחבה לצפון מערב. על חלקו החיצוני של השובר ניצבה חומת ים עם מגדלים במרחקים קצובים ואילו בצידו הפנימי הותקן רציף טעינה ופריקה , ובו מחסנים וטיילת לכל אורכו. בקצהו הדרומי של השובר (במקום בו מצויה כיום המצודה ו"מגדל הזמן") ניצב המגדל הגדול מכולם – מגדל הדרוזיון, ששימש אולי כמגדלור הנמל. הרוחב המקורי של תעלת הכניסה היה, לפי הערכות שונות, בין 30 ל-80 מ'. מחוץ לפתח הנמל ניצבו שני מגדלים שסימנו את נתיב הכניסה (30). המגדלים היו קשורים בחלקם העליון במשטח שנועד להצבת פסלים (שלא שרדו). שטח העגינה נסגר מצפון על ידי שובר גלים ישר וקצר יותר, ועליו ניצב כנראה בנין מנהלת הנמל. באבנים של שובר גלים זה נחצבו גומחות מיוחדות, ששימשו אולי כבסיס לגלגלות. אלה נשאו שרשרת ברזל שסגרה את פתח הכניסה לנמל בעת הצורך.
מאת שרה ארנסון